Phát triển tính toán khoa học chuyên ngành trên cơ sở máy tính hiệu năng cao chia sẻ tài nguyên tại Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam

Chủ nhiệm đề tài PGS.TSKH. Phạm Huy Điển
Đơn vị thực hiện Trung tâm Tin học và Tính toán
Thời gian thực hiện 2013 - 2015
Tổng kinh phí 2.580.000.000đ (Hai tỷ năm trăm tám mươi riệu đồng chẵn)
Xếp loại đề tài Xuất sắc
Hình ảnh nổi bật của đề tài Hình ảnh nổi bật
Mục tiêu đề tài
  • Xây dựng và phát triển hệ thống tính toán hiệu năng cao và liên kết đào tạo, chia sẻ tài nguyên tiềm lực vật chất và con người trong lĩnh vực tính toán hiệu năng cao phục vụ nhu cầu tính toán khoa học tại các ngành – Viện nghiên cứu trong Viện Hàn lâm KHCNVN.
  • Phát triển nhân lực và công cụ, thử nghiệm các đề tài nhánh hợp tác nhiều bên giữa các ngành nghiên cứu chuyên môn sử dụng tài nguyên tính toán hiệu năng cao chia sẻ trên mạng cho các nhu cầu sử dụng phát triển tính toán khoa học trong Viện Hàn lâm KHCNVN cũng như các trường, các viện nghiên cứu khoa học khác trong cả nước, khu vực và hợp tác quốc tế.
Kết quả đạt được

Về khoa học:

  • Xây dựng hệ thống quản lý tài nguyên, quản trị người dùng, cấp phát và hỗ trợ quá trình tính toán hiệu năng cao chia sẻ tài nguyên trên mạng, có khả năng quản trị và hỗ trợ các đề tài nhánh khác trong việc sử dụng và vận hành tính toán trung tâm từ xa trên mạng.
  • Xây dựng môi trường tính toán trong tin sinh học trên hệ thống TTHNC của Viện Hàn lâm KHCNVN, có khả năng phát triển lâu dài cho nhóm tin sinh học sử dụng hệ thống TTHNC của Viện Hàn lâm KHCNVN.
  • Xây dựng nền tảng công cụ phân tích và mô phỏng tương tác phân tử của protein với các phối tử (ligand). Kiểm chứng mô phỏng tương tác phân tử của một số protein với các loại saponin chiết xuất từ sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis).
  • Ứng dụng các phương pháp và công cụ vật lý trong nghiên cứu vật liệu lượng tử, polymer sinh học, bức xạ hạt nhân và thiên văn học. Lập trình và cài đặt môi trường, công cụ tính toán.
  • Phát triển nền tảng dịch vụ tính toán hiệu năng cao chia sẻ cho tính toán và mô phỏng linh kiện quang tử 2D sử dụng cấu trúc mạng tinh thể quang tử và cấu trúc siêu vật liệu. Cài đặt và làm chủ 3 phần mềm công cụ cho nghiên cứu vật liệu và linh kiện. Tính toán thử nghiệm cho một lớp bài toán mô phỏng linh kiện quang tử 2D.
  • Triển khai công nghệ mới nâng cao năng lực tính toán hiệu năng cao với giá thành rẻ và tiết kiệm năng lượng. Cài đặt và chạy thử nghiệm hệ thống tính toán hiệu năng cao trên cơ sở bó máy tính có tích hợp các bộ xử lý đồ họa (GPU) để tăng tốc độ tính toán và tiết kiệm năng lượng.

Về ứng dụng: Đề tài phát triển một số phần mềm mã nguồn mở làm nền tảng cho thực hiện tính toán phục vụ nghiên cứu khoa học, và giải quyết các bài toán thực tế đòi hỏi năng lực tính toán lớn.

Những đóng góp mới

Xây dựng và phát triển hệ thống tính toán hiệu năng cao, chia sẻ tài nguyên tiềm lực vật chất và con người trong lĩnh vực tính toán phục vụ nhu cầu tính toán khoa học tại các ngành (viện nghiên cứu) trong Viện Hàn lâm KHCNVN. Phát triển nhân lực và công cụ sử dụng tài nguyên tính toán hiệu năng cao chia sẻ trên mạng cho các nhu cầu sử dụng phát triển tính toán khoa học trong và ngoài Viện.

Sản phẩm

Các bài báo đã công bố (liệt kê):

  1. Nguyen TTP, Le SV, Ho BH, Le SQ (2015). Building ancestral recombination graphs for whole genomes. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (accepted). 
ISI Indexed
  2. Ho BH, Hassen RMK, Le NT (2015). Combinatorial roles of DNA methylation and histone modifications on gene expression. Springer Advances in Intelligent Systems and Computing, Vol 341, pp 123-135. 
Scopus, DBLP Indexed
  3. Oanh T. P. Kim, Manh D. Le, Hoang X. Trinh, Hai V. Nong, In silico studies for the interaction of tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) with different saponins from Vietnamese ginseng (Panax vietnamesis), Biophysics and Physicobiology (to appear).
  4. Kim Thị Phương Oanh, Phân tích khả năng tương tác của protein TNF-α với một số loại ginsenoside của sâm Ngọc Linh bằng phương pháp mô phỏng sự tương tác (docking) và mô phỏng động lực học phân tử (molecular dynamic simulation- MD), HỘI THẢO “NGHIÊN CỨU HỆ GEN TẠI VIỆT NAM: HIỆN TẠI VÀ TƯƠNG LAI”, Hà Nội - 2016.
  5. S. Matsushita, Dinh-V- Trung, F. Boone, M. Krips, J. Lim, and S. Muller, Resolving the bright HCN(1-0) emission toward the seyfert 2 nucleus of M51: Shock enhancement by radio jets and weak masing by infrared pumping? The Astrophysical Journal, 799:26 (10pp), 2015. (bài báo SCI)
  6. Phuong Thuy Bui and Trinh Xuan Hoang, Folding and escape of nascent proteins at ribosomal exit tunnel, THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 144, 095102 (2016) (bài báo SCI).
  7. L. H. Khiem and T. D. Trong, A Software for Simulation of Efficiency of HPGe Detectors, Physics of Particles and Nuclei Letters, Vol. 12, No. 3, p. 398, 2015. (bài báo Scopus)
  8. L. H. Khiem and T. D. Trong, Monte Carlo Simulation of γ_Scattering for Density Variation Measurement, Physics of Particles and Nuclei Letters, Vol. 12, No. 3, p. 400, 2015. (bài báo Scopus)
  9. Tran Minh Tien, Mott transitions in fermions-fermions mixtures of ultracold atoms, Báo cáo trình bày tại hội thảo VAST-JMUW lần thứ nhất, ngày 20-10-2014, Hà Nội.
  10. Nguyen Duong Bo and Tran Minh Tien, Multipledegeneracy electron correlations in quantum mixtures of ultracold atoms, Báo cáo trình bày tại hội nghị vật lý lý thuyết toàn quốc lần thứ 37, ngày 6-9 tháng 8 năm 2012 tại Cửa Lò, Nghệ An.
  11. D.T. Viet, N.T. Hien, P.V. Tuong, N.Q Minh, P.T. Trang, L. N. Le, Y. P. Lee, V.D. Lam, “Perfect absorber metamaterials: Peak, multi-peak and broadband absorption,” Optics Communications 322, 209-213 (2014). SCI paper
  12. Hoang Thu Trang, Hoang Thi Hong Cam, Ngo Quang Minh and Pham Van Hoi, “Optical filters based on guided-mode resonance in coupled gratings,” The 4th International Workshop on Nanotechnology and Application - IWNA 2013, 14-16 November 2013 - Vung Tau, Vietnam, Proceeding IWNA-2013, pp.355-358.
  13. Thu Trang Hoang and Quang Minh Ngo, “Investigation of light propagation in two-dimensional graded photonic crystals,” The 7th International Workshop on Advanced Materials Science and Nanotechnology, IWAMSN 2014 Ha Long City, Vietnam, 2-6 November 2014.
  14. Thu Trang Hoang and Quang Minh Ngo, “Optical bistability based on Fano resonances in double-layer nonlinear slab waveguide gratings,” Optics & Photonics Taiwan, International Conference - Annual Meeting of Taiwan Photonics Society (OPTIC) 2014. 4-5 December 2014, National Chung Hsing University, Taichung, Taiwan.
  15. Phạm Huy Điển, Phạm Hồng Quang, Trần thị Bích Ngọc, Lập lịch tối ưu cho xe buýt nhanh (BRT) và vấn đề thiết lập hàm mục tiêu qua các tính toán thử nghiệm, Báo cáo Hội nghị Ứng dụng Toán học Toàn quốc lần thứ IV, Hà Nội - 2015.

Các sản phẩm cụ thể (hiện đang được lưu giữ trên hệ thống TTHNC của VAST):

  • Hệ thống quản lý nền tảng, tài nguyên, quản trị người dùng, cấp phát và hỗ trợ quá trình tính toán hiệu năng cao chia sẻ tài nguyên trên mạng;
  • Môi trường tính toán hiệu năng cao phục vụ tính toán trong tin sinh học;
  • Nền tảng công cụ phân tích và mô phỏng tương tác phân tử của protein với các phối tử (ligand) trên hệ thống TTHNC của Viện Hàn lâm KHCNVN;
  • Hệ thống các phương pháp và công cụ vật lý trên hệ thống TTHNC của Viện Hàn lâm KHCNVN trong nghiên cứu vật liệu lượng tử, polymer sinh học, bức xạ hạt nhân và thiên văn học;
  • Hệ thống nền tảng phục vụ tính toán và mô phỏng vật liệu và linh kiện quang tử 2D sử dụng cấu trúc mạng tinh thể quang tử và cấu trúc siêu vật liệu trên hệ thống TTHNC của Viện Hàn lâm KHCNVN;
  • Hạ tầng tính toán hiệu năng cao và môi trường phát triển phần mềm TTKH trên cơ sở bó máy tính có tích hợp các bộ xử lý đồ họa (GPU) để tăng tốc độ tính toán.

Các sản phẩm khác (nếu có): Sách chuyên khảo: Lê Hồng Khiêm, Ứng dụng phương pháp Monte Carlo trong vật lý hạt nhân thực nghiệm, Nhà xuất bản Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, 2014.

Địa chỉ ứng dụng

Các sản phẩm của đề tài hiện đang được cài đặt và sử dụng trên Hệ thống tính toán hiệu năng cao của Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam.